门槛性指标包括以下六项：
一、精确到天数的年限要求 企业须注册成立365个日历天数以上
“当年”、“最近一年”和“近一年”都是指企业申报前1个会计年度；“近三个会计年度”是指企业申报前的连续3个会计年度（不含申报年）；“申请认定前一年内”是指申请前的365天之内（含申报年）。
二、两层分级制的知识产权要求
该要求的特点主要体现在一票否决权，两级分层制；强调知识产权的核心性、排他性、有效性；同时弱化了时效性限制。
1、一票否决权：不具备知识产权的企业不能认定为高新技术企业。
2、两级分层制：扩大了知识产权的范围，将国防专利、国家新药、国家一级中药保护品种等纳入进来，更为合理，利好于涉农、涉医药等特殊行业的企业。而两级分类的模式，也充分考虑了不同知识产权的价值、创造性要求、授权审批严格程度等方面，这有利于相关行业的企业充分利用其知识产权、合理维持其高新资质。两级区分的意义在于I类知识产权在有效期限内可以无限制使用，而II类知识产权则只能使用一次。
3、排他性权属要求 要求须在中国境内授权或审批审定，并在中国法律的有效保护期内，且知识产权权属人应为申请企业。同时，在申请高新技术企业期间及高新技术企业资格存续期内，知识产权有多个权属人时，只能由一个权属人在申请时使用。这表明，不少集团企业内的关联公司已经不能通过共享的方式分别申请高新资质。
4、知识产权相关技术对其主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用。所谓主要产品（服务）是指高新技术产品（服务）中，拥有在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权，且其收入之和在企业同期高新技术产品（服务）收入中超过50%的产品（服务）。
5、有效性要求
（1）专利有效性证明 申请认定时专利的有效性以企业申请认定前获得授权证书或授权通知书并能提供缴费收据为准。该要求明确了专利等有效性的认定标准——书面证明资料。虽然授权通知书专利有效性的证明力较授权证书弱，但是缴费收据提供了强有力的辅助。
6、弱化时效性要求 考虑到知识产权获取的难易程度等因素，《工作指引》弱化了时效性的要求。具体来说，按Ⅱ类评价的知识产权在申请高新技术企业时，仅限使用一次，而对于I类知识产权则没有次数限制。较于旧《管理办法》和《工作指引》的“近三年内取得”而言，其时效性限制弱化。从时效性限制改为次数限制,Ⅱ类知识产权依然可以使用三年（因为一次高新认定的有效期为三年），而I类知识产权则以其本身的有效期作为限制。
三、主要产品（服务）核心技术的领域要求
1、对企业主要产品（服务）发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；
2、主要产品（服务）是指其收入之和在企业同期高新技术产品（服务）收入中超过50%的产品（服务）。这是新提出的定量性要求，事实上有利于知识产权“核心支持作用”的认定。
四、高新技术产品（服务）收入占比的要求
高新技术产品（服务）收入占比是指高新技术产品（服务）收入与同期总收入的比值，要求不低于60%。高新技术产品（服务）收入分为两大类，主要是指企业通过研发和相关技术创新活动，取得的产品（服务）收入与技术性收入的总和。对企业取得上述收入发挥核心支持作用的技术应属于《技术领域》规定的范围。
其中，技术性收入包括：
（1）技术转让收入：指企业技术创新成果通过技术贸易、技术转让所获得的收入；
（2）技术服务收入：指企业利用自己的人力、物力和数据系统等为社会和本企业外的用户提供技术资料、技术咨询与市场评估、工程技术项目设计、数据处理、测试分析及其他类型的服务所获得的收入；
（3）接受委托研究开发收入：指企业承担社会各方面委托研究开发、中间试验及新产品开发所获得的收入。对总收入进行了界定，总收入是指收入总额减去不征税收入。收入总额与不征税收入按照《中华人民共和国企业所得税法》（以下称《企业所得税法》）及《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（以下称《实施条例》）的规定计算。新的工作指引删减了技术性收入中的技术承包收入。
五、科技人员与职工总数的比值要求
《管理办法》要求，高新技术企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%。《工作指引》对人员统计的要求进行了明确：取消了对科技人员和研发人员的区分，取消了对科技人员学历限制，明确了科技人员和职工总数的统计范围，明确了具体的统计方法。
1、统计方法：全年月平均数企业当年职工总数、科技人员数均按照全年月平均数计算。月平均数＝（月初数＋月末数）÷2；全年月平均数＝全年各月平均数之和÷12；年度中间开业或者终止经营活动的，以其实际经营期作为一个纳税年度确定上述相关指标。
2、职工总数的统计口径，企业职工总数包括企业在职，兼职和临时聘用人员。在职人员可以通过企业是否签订劳动合同或缴纳社会保险费（增加了一种鉴别方式，实践中早有采用，资料准备时应考虑直接提供相应证明资料）来鉴别；兼职、临时聘用人员全年须在企业累计工作183天以上。当然，职工总数的统计要将科技人员包括在内。
3、科技人员的范围，企业科技人员是指直接从事研发和相关技术创新活动，以及专门从事上述活动管理和提供直接服务的人员，包括在职、兼职和临时聘用人员，并且累计工作时间在183天以上。
六、精细化但仍不完美的研发费用要求
1、研发费用占销售收入比例（注意是总额比例而非分年比例） 企业研究开发费用占比是企业近三个会计年度（实际经营期不满三年的按实际经营时间计算）的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比值。《管理办法》要求：最近一年销售收入小于5,000万元（含）的企业，比例不低于5%；最近一年销售收入在5,000万元至2亿元（含）的企业，比例不低于4%；最近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%；中申咨询提醒您值得注意销售收入为主营业务收入与其他业务收入之和。主营业务收入与其他业务收入按照企业所得税纳税申报表的口径计算。
2、企业研究开发活动（研发项目）的确定 ，研发活动的确定方法与此前类似，包括行业标准判断法、专家判断法和目标或结果判定法。其中，目标或结果判定方法是前两种方式的辅助方法。企业应按照研究开发活动的定义填写<<高新技术企业认定申请书>>中“四.企业研究开发活动情况表”。
3、研发费用的归集方法 企业应正确归集研发费用，由具有资质并符合《工作指引》相关条件的中介机构进行专项审计或鉴证。企业的研究开发费用是以单个研发活动为基本单位分别进行测度并加总计数的。以单个研发活动为基本单位则省去了运用费用分摊机制的麻烦。企业应对包括直接研究开发活动和可以计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写《高新技术企业认定申请书》中的“企业年度研究开发费用结构明细表”。
企业应按照“企业年度研究开发费用结构明细表”设置高新技术企业认定专用研究开发费用辅助核算账目，提供相关凭证及明细表，并按要求进行核算。
4、研发费用的归集范围 包括人员人工费用；直接投入费用；折旧费用及长期待摊费用；无形资产摊销费用；设计费用；装备调试费用与试验费用；委托外部研究开发费用和其他费用，并且其他费用由不得超过研究开发总费用的10％调整为20%，包括技术图书资料费、资料翻译费、专家咨询费、高新科技研发保险费，研发成果的检索、论证、评审、鉴定、验收费用，知识产权的申请费、注册费、代理费，会议费、差旅费、通讯费等其他费用所占比例有所提高。
